In 2006 zijn de medicatieprotocollen tot stand gekomen met behulp van decentrale werkgroepen en een centrale werkgroep. De Centrale Werkgroep was tijdens het gehele proces sturend en adviserend betrokken. De werkwijze was als volgt:

Themagerelateerde teksten

Voor meerdere belangrijke thema’s (bijvoorbeeld ADHD, Autisme) werd een academisch centrum als ‘aanvoerder’ gekozen (dat dit thema reeds als aandachtsgebied had). Deze centra stelden een Decentrale Werkgroep samen, bestaande uit experts van instellingen uit de regio en een vertegenwoordiger van een cliëntenorganisatie. Vertegenwoordigers van elk van de Decentrale Werkgroepen en van de cliëntenorganisaties hadden zitting in de Centrale Werkgroep Psychofarmaca. Een format en een protocol, opgesteld door de Centrale Werkgroep, diende als basis voor de werkzaamheden van de Decentrale Werkgroepen.

De Decentrale Werkgroepen stelden de inhoud van de teksten op. Uitgangspunt was telkens om de teksten te baseren op het beschikbare wetenschappelijke bewijs. Deze teksten zijn vervolgens geredigeerd door een apotheker (dr. A. Faber), en de voorzitters van respectievelijk de Centrale Werkgroep en het Landelijk Kenniscentrum (drs. L.J. Kalverdijk en prof. dr. R.B. Minderaa).

Formularium

De teksten over individuele middelen (formularium) zijn opgesteld door een uitgenodigde auteur (dr. C. Ketelaars) en ook deze teksten zijn door de bovengenoemde redactiecommissie geredigeerd.